โครงสร้างที่โฟลเดอร์สำหรับจัดเว็บและใช้งานบนเซิฟเวอร์ ประกอบด้วยส่วนต่างๆดังนี้

/backups
/domains
/mail
/public_html

/backups โฟลเดอร์นี้สำหรับเก็บไฟล์สำรองข้อมูลของเว็บที่สร้างจาก ระบบควบคุม (Control Panel)  โดยคุณสามารถสำรอง/เรียกกลับ ข้อมูลเว็บและการตั้งค่าต่างๆ ได้จากส่วนควบคุม

/mail สำหรับเก็บไฟล์ของระบบอีเมล์เซิฟเวอร์.  ไม่สามารถแก้ไข ลบ หรือเปลี่ยนแปลงใดๆในส่วนนี้ได้.

/domains สำหรับจัดเก็บแต่ละผู้ให้บริการ  ตามโดเมนเมนของคุณ  มีรูปแบบคือ /domains/yourdomain.com. มีโฟลเดอร์สำหรับใช้งานคือ

       /logs             (เก็บสถิติการเข้าใช้งานเซิฟเวอร์ของคุณ จะสร้างทุกๆเดือน)
       /private_html  (สำหรับจัดเก็บไฟล์ที่มีการเข้ารหัสแบบ SSL -- https://)
       /public_html  (ส่วนหลักในการเก็บข้อมูลของเว็บไซต์ทั้งหมด)
       /public_ftp     (สำหรับเก็บไฟล์ให้บริการ FTP)
       /stats            (ไฟล์ข้อมูลของตัวเก็บสถิติเว็บ  -ไม่สามารถแก้ไขหรือลบโฟลเดอร์นี้ได้)

ไฟล์พื้นฐานสำหรับเรียกหน้าเว็บคือไฟล์   index.html เมื่อมีการเรียกเข้าชมเว็บไซต์เช่น
http://www.yourdomain.com/
ระบบจะเข้าไปยังโฟลเดอร์ public_html  เรียกหน้า  
http://www.yourdomain.com/index.html  สำหรับแสดงผล
แต่ถ้าต้องการใช้ไฟล์รูปแบบอื่นเป็นหน้าหลัก เช่น ไฟล์ PHP, shtml 
ก็ต้องใช้ชื่อไฟล์เป็น index.รูปแบบไฟล์ เช่น  (index.php, index.shtml, เป็นต้น). 
 

การอ้างอิงไฟล์อื่นๆก็เช่นกัน เราสามารถใส่ไฟล์ ภาพวีดีโอ เสียง ใน public_html 
แล้วอ้างอิง URL เป็น http://www.yourdomain.com/ชื่อไฟล์
หรือจะสร้างโฟลเดอร์สำหรับจัดเก็บไฟล์โดยเฉพาะเพื่อการจัดการง่ายขึ้น เช่น สร้างโฟลเดอร์ music สำหรับเพลง , vdo สำหรับเก็บไฟล์วีดีโอ , image สำหรับเก็บไฟล์ภาพหรือชื่ออื่นๆ การเรียกใช้งานก็จะเป็น
http://www.yourdomain.com/music/ชื่อไฟล์
http://www.yourdomain.com/image/ชื่อไฟล์

ส่งไฟล์ผ่านบริการ FTP
 FTP (FileTranferPotocal) เป็นช่องทางในการโอนถ่าย(Transfer) ข้อมูลต่างๆขึ้นสู่เซิร์ฟเวอร์
มีความรวดเร็วในการโอนถ่ายข้อมูล การจัดการ แก้ไขไฟล์ต่างๆบนฝั่งผู้ให้บริการได้อย่างสะดวก
รวมทั้งการส่งไฟล์ได้ครั้งละหลายๆไฟล์หรือส่งไฟล์ขนาดใหญ่ได้  มีรูปแบบการใช้งานคือ

ขึ้นตอนที่ 1:  การโอนถ่ายข้อมูลผ่านช่องทาง FTP ต้องใช้งานผ่านโปรแกรม FTP
ซึ่งมีให้เลือกใช้หลายโปรแกรมสามารถหาโปรแกรมได้จาก   ที่นี่

ขึ้นตอนที่ 2:  ติดต่อไปยังเซิฟเวอร์
หลังจากติดตั้งโปรแกรม ต้องกำหนดค่าเพื่อเข้าถึงเซิฟเวอร์ผู้ให้บริการมี ค่าต่างๆดังนี้

     Username : ชื่อใช้บริการ ใช้ชื่อเดียวกับเข้าระบบควบคุม (Control Panel).
     Password : รหัสผ่าน ใช้เหมือนกับเข้าระบบควบคุม (Control Panel).
     Address : เซิฟเวอร์สำหรับเก็บไฟล์ .เป็นของผู้ให้บริการ หรือของคุณใช้เป็น
ftp://ftp.yourdomain.com/
     Port : ช่องทางการติดต่อสื่อสาร (ค่ามาตฐานคือ 21).

บางโปรแกรมอาจให้เลือกรูปแบบการส่งไฟล์  ASCII/Binary/Auto  ให้เลือกเป็น auto

ขึ้นตอนที่ 3:  เข้าโฟลเดอร์หลัก public_html  แล้วส่งไฟล์
ให้เข้าไปยังโฟลเดอร์หลักจัดเก็บเว็บไซต์คือ  /domains/yourdomain.com/public_html 
เพื่อเริ่มใช้งานและจัดการไฟล์ต่างๆบนเครื่องเซิฟเวอร์  ผ่านโปรแกรม FTP ตามความสามารถของแต่ละโปรแกรมในการจัดการไฟล์และรูปแบบการใช้งานแตกต่างกันไป